新医院将逐步破除“以药补医”。除了保留急诊等必需的最低药品库存外，医院不再设立药房，只提供药事服务;药品的储存、物流、配送、供应实行“社会化”，交由医药企业承担，视医院用药情况随时补充。其次是“零差率”，新医院全部正式运行后，都不在药品进价上加成15%，进一步降低药价。

　　新建医院“从零开始”，为堪称“医改最难”的公立医院改革破题，是使命也是机遇。市政府近日下发《新建公立医院改革试点实施方案》，明确提出将以3年为过渡期，在4家郊区新建医院探索建立“科学高效的管理体制、治理机制、投入补偿机制、医保支付机制、运行机制、评价和监管机制等”

　　市医改办还要求新建医院严格控制、规范使用高值耗材和高价自费药品，优先使用基本药物，基本药物使用金额比例逐步达到40%以上。对因此而减少的收入，各医院管理者表示“并不担心”：基建、大型设备、重点学科建设资金，由政府统筹安排。

　　据介绍，新建医院还将建立理事会领导下的院长负责制，理事会由申康医院发展中心、区政府、所属的大学、母体医院以及员工代表、社会代表组成，监督院长和领导班子按照理事会章程开展经营管理，为医院公益性方向掌舵。新医院还将在上海医院中首度设立首席财务官，由上级单位委派，全面监控财务运行情况，确保国资安全。