2010年12月，《食品中致病菌限量》在全社会进行过一次征求意见，两年后，因各方反馈意见较多，因此《食品中致病菌限量》在对标准进行修改之后再次征求意见。
    与上一版本相比较，新版本标准在食品分类中有较大变化，将原来的发酵酒及其配制酒、调味品、果冻、即食食品等17类，修改为肉制品、水产制品、即食蛋制品、粮谷类制品、巧克力类及可可制品、即食加工果蔬（含生食）、饮料及冷冻饮品类、即食调味品、坚果籽实制品9大类，并且对饮料及冷冻饮品类食品所含金黄色葡萄球菌限量等部分限制数值进行了修改。
    卫生部有关人士解释说，该标准第一次征求意见后，共收到来自农业部、商务部、国家质检总局、国家食品药品监督管理局及行业协会、生产企业、专家的反馈意见，以及欧盟、加拿大、美国、澳大利亚、智利等国家和地区的评议共计120余条，意见主要集中在食品分类、指标限量设置方面。经过对其中分歧较大的关键性内容进行充分讨论，标准起草工作组采纳意见80余条，部分采纳30余条，未采纳10条。 
    据卫生部有关人士介绍，食品中致病菌限量标准在我国是首次制定，同时也是食品安全基础标准的重要组成部分。标准起草工作组对我国现行562项各类标准中的致病菌指标、限量和采样方案进行了梳理，结合国家食品安全风险监测的结果和2005-2011年食物中毒的高危食品和致病菌组合的危害特征，参考分析了欧盟、美国以及我国香港、台湾地区等即食食品中的致病菌限量标准及其规定，在考虑食品中致病菌或其代谢产物对健康造成实际或潜在危害证据的基础上，对致病菌指标进行了删减、增加或修改。