为解决基层医疗服务机构薄弱的问题，新医改提出的一项基本原则是“强基层”，意在提高基层的医疗服务能力。但在执行之初，“强基层”却被各地方简化为盖楼房、买设备等硬件上的投入。实践则证明，这无法从根本上解决问题。

　　进入“十二五”医改以来，各地方日益明显感受到人才瓶颈对基层服务能力的束缚。

　　实际上，基层的人才瓶颈包含几个方面的问题：吸引和留住高素质人才、提高基层医务人员积极性以及稳定乡村医生队伍。

　　而在新医改启动以后，基层人才队伍还出现了如何调动积极性的问题。重庆市卫生局医改办提到：“目前实施的绩效工资，是基层医疗卫生机构的业务骨干积极性普遍受挫。”

　　乡村医生面临的则主要是获得执业医师资格比例偏低、身份保障机制缺失等障碍。来自云南玉溪市的统计显示，仅有4.36%的乡医获得执业助理医师以上资格，而有近59%的乡医月收入低于1000元，但却有23.14%的乡医年龄已经超过50岁。

　　新医改新建立的基本药物制度，并已经完成了在政府办基层医疗卫生机构的全覆盖。而与基本药物制度配套推行的基层医疗机构运行机制，需要政府财政增加投入，补贴取消药品加成后的损失以及医务人员的工资。

　　与陕西省一样，不少地方都表示，目前的财政投入仍难以建立长效性的财政保证机制。

　　黑龙江省卫生厅医改办提出，应该强制基层政府履行医改投入责任。对于未按照国家规定的匹配比例履行医改投入责任的地方政府，由上级政府在下年度转移支付中，按标准直接预留。

　　不过，是否履行补偿责任是一方面，能否履行则是另一个方面。主要采取财政补偿方式推行基层医改的陕西省就明确表示财政压力的增大。山东省甚至还提到，需要地方补偿、配套的部分已经超出了地方财政的负担能力。