2012年，在全国18个省份311个县(市)的公立医院改革试点中，中央财政按照每县(市)300万元的标准发放补助资金。但由于债务压力的影响，这一改革如今正面临着不小的障碍。

　　1月16日，记者获悉，取消以药补医后，诸如偿还药品历史欠债问题、补助医院因取消药品加成所减少的收入问题，让财政补偿压力极大。这一点，在部分经济欠发达地区表现得尤为明显。对此，中投顾问医药行业研究员蒋华阳认为，财政补偿落实效果不佳，跟医院、药店、医生之间的灰色收入链条迟迟难以打破有巨大关联。

　　广西壮族自治区卫生厅医改办表示，2012年在推进医改工作的过程中，面临的主要困难之一是基层医疗卫生机构债务化解资金的缺口较大。据初步汇总，广西全区基层医疗卫生机构长期债务为8.2亿元，其中2009年及以前年度形成的未偿还债务5.2亿元。2011年底，中央下达了广西一次性补助资金1.04亿元，2012年自治区本级将安排1亿元作为化债专项资金，但资金缺口仍超过6亿元。

　　“国家要求2013年9月前各省份完成基层医疗卫生机构债务清理化解工作，如不及时解决，将对基层医疗卫生机构破除以药补医后新机制的平稳运行造成不利影响。”广西壮族自治区卫生厅医改办表示。

　　陕西省卫生厅医改办坦言，随着新医改的深入，基层财政负担日益繁重。破除以药补医机制后，偿还药品历史欠债问题以及补助医院因取消药品加成所减少的收入，让财政补偿压力极大，尤其在经济欠发达地区，短期内很难建立长效的财政补偿机制。