9月26日，由卫生部卫生发展研究中心承担的课题《县级公立医院经济运行研究报告》发布，《报告》认为，各方要多措并举，逐步化解债务，减轻县级公立医院的运行压力。
  《报告》显示，医改3年间，政府大量增加县级医院建设投资，但由于规划内投资额过低，难以满足需求，同时要求地方政府配套，而地方政府又把配套责任下移给医院，加上工程造价标准过低，实际造价往往超出预算等多种因素，导致很多县级公立医院在建设过程中长期负债，负债率不断增加。县级公立医院平均实际总投资为4093万元，其中政府投资占60.6%。设备购置资金中，政府项目投资资金仅占26.6%。《报告》认为，县级公立医院在自身积累不足的情况下，又不愿错失国家投资建设补助的机遇，因此只能负债建设。目前很多县级公立医院财务报表中的长期负债规模，由于固定资产竣工验收程序繁多，竣工结算不及时，工程欠款债权债务关系复杂等因素，并未全面反映实际债务规模，估计实际债务规模可能还要更大一些。
  《报告》认为，建设负债问题困扰着县级公立医院健康持续发展，需要多措并举，逐步化解债务。　首先，要严格控制新债务。《报告》建议，各地科学拟定区域卫生规划和区域医疗机构设置规划，严格控制公立医院建设规模、标准，加强大型医用设备配置管理。县级公立医院规划内基本建设和添置大型设备的资金，应由政府足额拨款，禁止举债建设。其次，财政直接化债或建立化债基金。《报告》认为，在财力条件允许的情况下，应力争通过财政渠道直接化解县级公立医院的历史债务。对于财力条件受限的地区，可根据往年县级公立医院收支结余和长期负债的数量关系等情况，确定财政出资比例和县级公立医院用收支结余的一定比例建立化债基金，逐步清欠历史债务。再次，财政贴息。《报告》提出，在消化长期负债的过程中，财政全额承担银行贷款利息，既是减轻县级公立医院债务负担行之有效的实际手段，也合乎公共财政支出规范。
   国内卫生经济学会常务副会长李长明认为，医改中涉及县级公立医院的很多惠民政策都需要县级财政埋单，然而很多县级财政是“穷财政”，埋不起单，导致诸多医改举措难以落实。要让县级公立医院轻装上阵，实现医改大病不出县的目标，各级政府继续增加财政投入是必由之路。
    近年来，我国各地县级公立医院负债率逐年增加，数据显示，2011年，县级公立医院资产负债率为36.7%，为有资产负债数据以来的最高值（1999年县级公立医院资产负债率约为25%，此后逐年上升）。县级公立医院长期债务规模达到658.5亿元，其中基本建设和设备负债占73%，经济运行压力较大。