有一些男性在小便时会觉得有轻微的疼痛感，但排尿结束后疼痛感就消失了，以为不是什么大事，其实尿道是身体很重要的生殖器官，如果在小便的时候感觉有疼痛感，无论是轻微还是严重的疼痛，都应该尽快去医院检查，可能是一些尿道感染类的疾病所致。男性小便的时候会疼，主要原因有以下这些：

尿道炎：指细菌、病/毒等病原体侵犯尿道，形成炎症，进而刺激尿道，影响排尿，是引起排尿疼痛的主要原因。男性患者处在尿道炎急性发作期时，还会有脓性分泌物，可做分泌物涂片或尿液细菌培养，来确诊是何种病原体导致。

前列腺炎：也会出现排尿疼痛，且疼痛在排尿终了时最明显，排尿完后，仍觉得疼痛，类似于“空痛”的感觉。最近有研究表明，经前列腺炎尿动力学检查发现，男性在患上前列腺炎后，后尿道压力明显增高，造成前列腺后尿道平滑肌能力增高，使尿液逆流至前列腺，而尿液内的尿酸会产生一种化学刺激，导致前列腺患者出现排尿疼痛、腹股沟疼痛等症状。

膀胱炎：发生在膀胱部位的炎症，多数由尿道出现感染，而逆行至膀胱所致，所以膀胱炎常常合并患有慢性尿道炎。在排尿时，膀胱内的带菌尿液刺激尿道，就会有明显的烧灼感，出现排尿时疼痛、排尿终了时小腹部疼痛的症状，尿液比较混浊，有时候还会出现血尿现象。

综上所述，男性在出现排尿疼痛的时候，应积极配合检查，确认是何种疾病导致。一般来说，首先需要做的就是尿常规检查，查看尿液中是否有红细胞、白细胞、脓细胞等异常情况，在辅助确定排尿疼痛的原因。再结合其临床症状，来判断是否由其他疾病引起。