减肥药的主要问题在于其长期安全性。过去40年内，有5种减肥药因安全隐患而退出市场。其中最著名的两种药物——惠氏公司(已被辉瑞收购)的Pondimin(芬氟拉明)和Redux(右芬氟拉明)，已于1997年退出市场。此前，由于这两种药物与含有芬氟拉明的“芬芬”复方药物以超说明书使用，复方疗效显著，因此取得了良好的销售业绩。不过，随后这两种药物因被发现可增加心脏瓣膜病变风险，在上市一年后便退出市场。

　　另有雅培的Meridia/Reductil(西布曲明)，由于可能引发心血管疾病于2010年退市;Servier公司的Mediator(苯氟雷司)，由于可能引发心脏瓣膜病于2009年退市;赛诺菲的Acomplia(利莫那班)，由于可能引发抑郁症或自杀于2008年退市。这些药物存在的问题也促使监管机构对减肥药进一步提高了警惕。

　　这些药物的退市，使得医生在治疗肥胖症时很难有更多的治疗选择。目前，使用最广泛的减肥药芬特明属于安非他命的衍生物，其价格低廉但疗效并不显著。其他常用的减肥处方药为脂肪酶抑制剂奥利司他(Xenical， 罗氏)和非处方药Alli(葛兰素史克)。由于奥利司他外周性作用机制于肠腔内，因此临床医生发现其安全性更高。但是，由于奥利司他经常会导致肠胃不适(如大便失禁或油性大便)，因此限制了其进一步使用。不过，随着西布曲明在欧洲的退市，奥利司他已成为在该地区内唯一可以用于减肥的药物。

　　而在我国， 2009年1月，由于会引发心脏损害等严重不良反应，国家食品药品监督管理局(SFDA)要求在全国范围内禁止生产、销售和使用盐酸芬氟拉明片及其原料药。2010年10月30日，SFDA发出通知，停止西布曲明制剂和原料药在中国的生产、销售和使用。这一通知终结了以“曲美”为代表的西布曲明系列减肥药在中国长达10年的销售历史。有数据表明，西布曲明类产品在2008年已经占到国内减肥药市场份额的23%。在西布曲明退市后，有人认为在后西布曲明时代，奥利司他或成最大赢家。但是如今回头再看，受到其他化学减肥药风波和本身副作用的影响，奥利司他的销量不升反降。数据显示，2011年国内16个重点城市样本医院的奥利司他用药仅为1万元，而2007~2008年在百万元的级别。